این ڈی اے حکومت کے علی گڑھ مسلم یونیورسٹی سپریم کورٹ میں لیے کھڑے سے بی جے پی پر لگے عدم برداشت کے الزامات اس تنازعہ کو پھر سے ہوا مل سکتی ہے. بی جے پی کی قیادت والی مرکزی حکومت نے سپریم کورٹ میں کہا کہ علی گڑھ مسلم یونیورسٹی کو مائنارٹی انسٹی کی كٹگري میں نہیں رکھا جا سکتا ہے.
اٹارنی جنرل مکل روہتگی نے جسٹس جے ایس شیکھر، جسٹس اےمواي اقبال اور جسٹس سی نگپپن کی بنچ کو بتایا کہ مرکزی حکومت کا یہ موقف ہے کہ علی گڑھ مسلم یونیورسٹی ایک مائنارٹی یونیورسٹی نہیں ہے. مرکزی حکومت کے طور پر ہم ایک سیکولر ریاست میں ایک مائنارٹی اسٹٹيوشن تشکیل کرتے ہوئے نہیں نظر آنا چاہتے.
محمڈن اینگلو اوريٹل کالج کو سڑے سال 1920 میں اے ایم یو ایکٹ نافذ کیا گیا تھا. پارلیمنٹ نے 1951 میں اے ایم
یو ترمیم ایکٹ منظور کیا اور اس دروازے غیر مسلمانوں کے لئے کھولے گئے. سال 1967 میں سپریم کورٹ نے عزیز باشاہ کیس میں کہا کہ اے ایم یو مائنارٹی انسٹی ٹیوٹ نہیں ہے کیونکہ اس کی تنصیب پارلیمنٹ کے بنائے قانون سے ہوئی ہے، لیکن اپوزیشن کے کئی لیڈر مرکز کے سپریم کورٹ میں رکھے گئے موقف کو سیاسی شیشے سے دیکھ رہے ہیں.
سال 1981 میں پارلیمنٹ نے ایک ترمیم کے ذریعے اے ایم یو کو ایک طرح سے مائنارٹی ٹیگ لوٹا دیا اور اسے ملک میں مسلمانوں کی ثقافتی اور تعلیمی ترقی ترقی کے لئے کام کرنے کی اجازت دے دی. سال 2004 میں اے ایم یو نے پوسٹ گریجویٹ میڈیکل سیٹوں کا پچاس فیصد مسلمانوں کے لئے مخصوص کر دیا.
اسی کے ساتھ علی گڑھ مسلم یونیورسٹی نے مرکزی حکومت کے اس دعوے کو مسترد کر دیا ہے جس میں کہا گیا ہے کہ اے ایم یو اقلیتی ادارے نہیں ہے.